Resultados

📈 Análises e Gráficos por Enzima

# Carregar pacotes necessários
library(tidyverse)

── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
✔ dplyr     1.1.4     ✔ readr     2.1.5
✔ forcats   1.0.0     ✔ stringr   1.5.1
✔ ggplot2   3.5.2     ✔ tibble    3.2.1
✔ lubridate 1.9.4     ✔ tidyr     1.3.1
✔ purrr     1.0.4     
── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()
ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors

library(forcats)
library(emmeans)

Welcome to emmeans.
Caution: You lose important information if you filter this package's results.
See '? untidy'

# Carregar os dados previamente salvos pelo arquivo estatisticas.qmd
load("estatisticas_base.RData")

# Verificar as enzimas disponíveis
enzimas <- unique(dados$enzima)

# Dicionário de nomes completos das enzimas
nomes_enzimas <- c(
  bgli = "β-glicosidase",
  xil = "Xilanase",
  endog = "Endoglucanase",
  lac = "Lacase",
  fpa = "FPase",
  bxil = "β-xilosidase",
  mangper = "Manganês Peroxidase"
)

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🧪 Gráficos de Atividade Enzimática

# Loop para gerar um gráfico por enzima
for (enz in enzimas) {
  
  subdados <- dados %>%
    filter(enzima == enz) %>%
    filter(!is.na(atividade), !is.nan(atividade), !is.infinite(atividade))
  
  if (nrow(subdados) < 3) next
  
  nome_completo <- nomes_enzimas[[tolower(enz)]]
  if (is.null(nome_completo)) nome_completo <- enz
  
  grafico <- subdados %>%
    group_by(isolado, substrato) %>%
    summarise(
      media = mean(atividade, na.rm = TRUE),
      .groups = "drop"
    ) %>%
    ggplot(aes(x = media, y = forcats::fct_rev(isolado), fill = substrato)) +
    geom_col() +
    labs(
      title = paste("Atividade da enzima:", nome_completo),
      x = "Média da atividade (U/mL)",
      y = "Isolado",
      fill = "Substrato"
    ) +
    theme_minimal() +
    theme(
      plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 16, face = "bold"),
      legend.position = "right"
    )
  
  print(grafico)
}

---

🏆 Top 3 Isolados por Enzima

library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(forcats)
library(scales)

Anexando pacote: 'scales'

O seguinte objeto é mascarado por 'package:purrr':

    discard

O seguinte objeto é mascarado por 'package:readr':

    col_factor

# Dicionário de nomes completos das enzimas
nomes_enzimas <- c(
  bgli = "β-glicosidase",
  xil = "Xilanase",
  endog = "Endoglucanase",
  lac = "Lacase",
  fpa = "FPase",
  bxil = "β-xilosidase",
  mangper = "Manganês Peroxidase"
)

# Calcular top 3 isolados por enzima
melhores_isolados <- dados %>%
  group_by(enzima, isolado) %>%
  summarise(media_atividade = mean(atividade, na.rm = TRUE), .groups = "drop") %>%
  arrange(enzima, desc(media_atividade)) %>%
  group_by(enzima) %>%
  slice_head(n = 3) %>%
  mutate(colocacao = row_number())

# Novas cores do pódio (1º, 2º, 3º)
cores_podio <- c("1" = "#1f78b4",  # Azul escuro
                 "2" = "#33a02c",  # Verde vibrante
                 "3" = "#ff7f00")  # Laranja forte

# Loop para gerar pódio por enzima com visual clean
for (enz in unique(melhores_isolados$enzima)) {
  
  dados_podio <- melhores_isolados %>% 
    filter(enzima == enz)
  
  # Obter o nome completo da enzima (confere minúsculas)
  nome_completo <- nomes_enzimas[[tolower(enz)]]
  if (is.null(nome_completo)) nome_completo <- enz
  
  grafico_podio <- ggplot(dados_podio, 
                          aes(x = fct_reorder(isolado, -media_atividade), 
                              y = media_atividade, 
                              fill = factor(colocacao))) +
    geom_col(width = 0.6, 
             color = "white",   # Borda branca nas barras
             size = 0.7, 
             show.legend = FALSE) +
    geom_text(aes(label = round(media_atividade, 2)), 
              vjust = -0.5, 
              size = 4) +
    scale_fill_manual(values = cores_podio) +
    labs(
      title = paste("🏆 Pódio: Top 3 isolados para", nome_completo),
      x = NULL,  # Removendo o rótulo do eixo x para maior limpeza
      y = "Média da atividade enzimática"
    ) +
    theme_minimal(base_size = 14) +
    theme(
      plot.title = element_text(hjust = 0.5, 
                                face = "bold", 
                                margin = margin(b = 10)),
      axis.text.x = element_text(face = "bold"),
      panel.grid.minor = element_blank(),         # Remove gridlines menores
      panel.grid.major.x = element_blank(),         # Remove gridlines verticais
      axis.line = element_line(color = "black"),    # Linhas dos eixos para delimitação
      plot.margin = margin(15, 15, 15, 15)
    ) +
    scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0, 0.1)))  # Dá um espaço para os rótulos acima das barras
  
  print(grafico_podio)
}

Warning: Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0.
ℹ Please use `linewidth` instead.